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動物防疫專區
家畜防疫課
（一）豬隻傳染病之預防、防疫、撲滅、調查及教育宣導等工作。
（二）進口豬隻追蹤檢疫工作。
水禽動物防疫課
（一）家禽及草食動物傳染病之預防、防疫、撲滅、調查及教育宣導等工作。
（二）進口家禽、草食動物及野生動物追蹤檢疫等工作。
（三）一般行政管理工作。
獸醫公衛課
（一）獸醫師（佐）登記及獸醫診療機構管理工作。
（二）動物用藥品管理及畜禽產品藥物殘留監測工作。
（三）屠宰場設立登記審查、畜禽屠宰管理及違法屠宰查緝工作。
（四）畜禽化製場管理及查核工作。
（五）綜合性防疫相關業務。
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動物保護專區
動物保護課
（一）特定寵物業管理、寵物登記管理及寵物屍體處理等工作。
（二）流浪犬貓收容認養管理、實驗動物人道管理、經濟及展演動物之福利管理、動物保護違法案件查核取締等工作。
（三）狂犬病及犬貓傳染病防治工作。
動物收容管制課
新竹縣寵物友善空間
如何申請寵物友善空間
寵物友善空間在這裡
綜合法規專區
新竹縣動物保護防疫所性騷擾防治申訴調查及懲處要點
新竹縣動物保護防疫所對民間團體補捐助作業規定
新竹縣動物保護防疫所職場霸凌防治及處理作業規定
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